馬克思主義學院成立于1996年12月，由原馬列主義發展史研究所和馬克思主義理論教育研究所合并而成。2003年7月，經學校研究決定，原馬克思主義學院和中共黨史系合并組建成新的馬克思主義學院。

目前，學院下設馬克思主義理論研究所、馬克思主義發展史研究所和中共黨史系。其中，馬克思主義理論研究所（原馬克思主義理論與思想政治教育研究所）成立于1986年，主要研究馬克思主義理論、思想政治教育、當代國外馬克思主義、馬克思主義中國化等。馬克思主義發展史研究所（原馬列主義發展史研究所）成立于1964年，是我國唯一的研究馬克思主義發展史的科研機構。中共黨史系始建于1950年代中期，主要研究中共黨史黨建和當代中國史。