中國科學技術大學是國家教育部和國家計委（今國家發改委）首批批準設立國家示范性軟件學院的院校之一。在著名高等院校設立國家示范性軟件學院是國家發展的戰略性規劃，它對國家經濟結構戰略性調整起到了重要的促進作用，是國家趕超美國、愛爾蘭和印度等國家軟件業發達國家的重要舉措。同時，示范性軟件學院的辦學模式、管理體制和運行機制也是我國高等教育改革和創新的一種嘗試。

成立于2002年3月的軟件學院秉承該校在創新和進取中凝練出的“紅專并進、理實交融”的校訓和“我創新故我在”的教育理念，堅持“質量優異、規模適度、夯實基礎、注重實踐”，依托該校計算機、數學、電子、通信和微電子學科的基礎與專業基礎課師資力量和豐富教學資源進行辦學。同時，學院聘請海內外著名企業和大學的專家、教授授課，課程設置與國際接軌，課程內容面向軟件市場和企業，強化實踐教學，并提供優良的硬件條件和教學環境。