2005年1月在水文學家劉昌明院士、水文地質學家林學鈺院士的倡導下，北京師范大學水科學研究院正式成立。

目前，學院教職工55名。其中，中國科學院院士2人、中國工程院院士2人（雙聘），教授19人，副教授19人。學院內設水文與水資源研究所、地下水科學與工程研究所、水生態研究所、水安全研究所，建有城市水循環與海綿城市技術北京市重點實驗室、地下水污染控制與修復教育部工程研究中心、水沙科學教育部重點實驗室、數字流域校級重點實驗室等，并在福建泉州以及河北易縣、欒縣等地建有野外實習基地，為開展各類復雜性、綜合性的科學實驗與教學研究提供了重要支撐和保障。

建院以來水科院始終以人才培養為本，在校碩士博士研究生共計250余名，學院人才培養積極適應社會發展需求，注重培養學生的科研能力、實踐能力、團隊精神，畢業生遍布祖國大江南北，受到了廣大用人單位的認可。

幾年來，水科院師生先后完成了國家“973”、“863”、國家自然科學基金、國家社科基金重大項目、國家科技支撐計劃、國家重大水專項、北京市科委重大項目、北京市自然科學基金等百余項科研項目。學院還與美國、加拿大、英國、日本、澳大利亞等多所大學建立了密切的合作交流關系。

在北京師范大學向“雙一流”大學邁進的今天，水科院也迎來新的發展機遇，在全院共同努力和社會各界大力支持下，水科人將秉承“上善若水、求實創新”的院訓精神，扎實開展教學科研、社會服務工作，立志為祖國的碧水藍天、生態文明做出積極貢獻！