上海海事大學經濟管理學院前身是創建于1956年的武漢水運工程學院水運經濟系，1963年，交通部屬院校進行專業調整時，水運管理和水運經濟專業調整到上海海運學院，2001年管理學院分拆，經濟管理學院成立。學院擁有產業經濟學（交通運輸部重點學科）、管理科學與工程（上海市一流學科B類）、運輸系統管理與工程經濟（上海市一流學科B類），三個部市級重點學科。 擁有1個一級學科博士點；4個二級學科博士點； 2個一級學科碩士學位授權點；10個二級學科碩士學位授權點；工商管理碩士（MBA）、高級管理人員工商管理（EMBA）、工程碩士（項目管理）、應用統計碩士等4個專業碩士學位授權領域。

上海海事大學經濟管理學院立足上海、輻射長江三角洲地區和沿海沿江地區、面向海內外，追求人才培養、科學研究、社會服務三種功能的協調發展，是國家一路一帶戰略、上海國際航運中心、上海自由貿易區建設建設經濟管理人才的重要培養基地和經濟管理問題的重要研究基地，為全國海運、物流及其它相關涉海和臨港產業提供經濟管理人才支持和相關的智力和決策支持。