1959年交通部在上海組建上海海運學(xué)院，航海系、輪機系孕育而生。1995年4月，因?qū)W校進行教學(xué)資源優(yōu)化與改革，將原航海系、輪機系合并成立了商船學(xué)院。學(xué)院經(jīng)過二十多年的發(fā)展，現(xiàn)設(shè)有院辦公室、航海技術(shù)系、輪機工程系、學(xué)生工作部、資料室等教學(xué)運行機構(gòu)，同時還設(shè)有國家級實驗教學(xué)示范中心、國家級虛擬仿真實驗教學(xué)中心、航運仿真技術(shù)教育部工程研究中心、智能海事搜救與水下機器人上海市工程中心（共享）、航海科學(xué)研究所、中法聯(lián)合伽利略系統(tǒng)與海上安全智能交通研究所、上海海事大學(xué)國際海事研究中心、上海海事大學(xué)-挪威船級社國際合作中心、上海海事大學(xué)海洋環(huán)境風險研究與評估中心、船舶控制工程研究所、中華人民共和國海事調(diào)查實驗室、上海海事大學(xué)全球航行狀況研究中心、上海海事大學(xué)船舶動力工程研究所等教學(xué)協(xié)作與科研學(xué)術(shù)機構(gòu)。

目前，商船學(xué)院現(xiàn)設(shè)有交通運輸工程、船舶與海洋工程2個一級學(xué)科博士點。其中包括交通信息工程及控制、載運工具運用工程、輪機工程、船舶與海洋結(jié)構(gòu)物設(shè)計制造等4個二級學(xué)科博士點。設(shè)有動力工程及工程熱物理、船舶與海洋工程、交通運輸工程3個一級學(xué)科碩士點。其中包括工程熱物理、熱能工程、動力機械及工程、制冷及低溫工程、交通信息工程及控制、載運工具運用工程、輪機工程、船舶與海洋結(jié)構(gòu)物設(shè)計制造等8個二級學(xué)科碩士點。設(shè)有交通運輸工程、船舶與海洋工程等2個專業(yè)學(xué)位碩士點。同時，載運工具運用工程為上海市重點學(xué)科，輪機工程為上海市教委重點學(xué)科。

航海類特色專業(yè)招收與培養(yǎng)保持長期穩(wěn)定。學(xué)院每年招收航海技術(shù)專業(yè)本科生10個班（每班約35人，以下同）、輪機工程專業(yè)本科生8個班、船舶電子電氣工程專業(yè)2個班，能源與動力工程專業(yè)3個班。

目前，學(xué)院有教職工236人，其中專職教師168人（其中航海91人+輪機77人）、實驗員40人、思政教師16人、行政人員7人、專職科研和研究中心等機構(gòu)人員5人。在專職教師中教授28人（其中航海16人+輪機12人）、副教授57人（航海28人+輪機29人），高級工程師或高級實驗師6人；具有博士學(xué)位85人，具有碩士學(xué)位及在讀博士生110余人；持有海船船長證書25人，大副證書8人，輪機長證書18人，大管輪證書5人。航海類專業(yè)教師涉及雙師型人員137人（總計189人）占比約70%。

商船學(xué)院國際交流與合作項目日益擴大和深入，極大促進了學(xué)院的國際化辦學(xué)水平。近年來，有來自IMO（國際海事組織）、美國麻省海事學(xué)院、美國圣地亞哥海事學(xué)院等不同國家的外籍專家、教師來院進行短期講學(xué)；目前，學(xué)院與美國麻省海事學(xué)院、丹麥哥本哈根輪機工程學(xué)院、日本東京海洋大學(xué)、臺灣海洋大學(xué)、韓國木浦海洋大學(xué)等知名院校建立了良好的定期互派各類專業(yè)的國際交流留學(xué)生互訪、學(xué)習的穩(wěn)定合作關(guān)系。