南京理工大學環境與生物工程學院下設環境科學與工程、生物工程、核環境3個系，建有環境工程（江蘇省重點專業、“卓工計劃”建設專業）、生物工程（江蘇省重點專業）、輻射防護與核安全（國防緊缺專業）3個本科專業、環境科學與工程一級學科博士點/博士后流動站(工信部重點學科,江蘇省重點學科)、化學工程與技術（生物化工）一級學科博士點/博士后流動站、生物醫學工程一級學科碩士點；擁有包括“化工污染控制教育部工程研究中心”、“江蘇省化工污染控制與資源化高校重點實驗室”，“江蘇省實驗教學與實踐教育中心”在內的8個科研教學平臺。

目前，學院共有教職工81人，其中專任教師63人，包括教授21人，博導20人，副教授19人，形成了結構優化、團結協作、創新進取的師資隊伍。學院已形成多個在國內外具有較高學術影響的研究方向。建院以來，學院承擔了包括水專項、973、863課題、國防預研、國家自然科學基金重點項目、面上項目等國家及省部級以上科研項目131項。先后獲中國石油和化學聯合會科技進步一等獎、江蘇省科技進步二等獎、環保部環境保護科學技術二等獎等獎項；SCI論文300余篇，授權發明專利70余件；完成環境污染治理及生物化工領域的科研成果轉化80余項。

南京理工大學環境與生物工程學院已成為我國環境、生物工程領域科學研究和高層次人才培養的重要基地。